特殊工时的申请，实行的是属地原则，一般而言，企业在哪里注册，就应当到哪里的行政部门进行申请。用人单位下设的分支机构如果要实行特殊工时制度，是否还需要向当地劳动行政部门申请呢？
案情简介
万某于2004年12月18日进入广东某物流公司的上海分公司（以下简称上海分公司）从事接货员和外发员工作。2006年3月1日及2007年3月1日，万某与上海分公司分别签订了期限为一年的劳动合同。2007年9月4日，广东省劳动和社会保障厅对广东这家物流公司作出批复，同意公司高级管理人员（区长级以上）、货运司机、外勤货运人员、仓库装卸人员可实行不定时工作制。
2008年2月27日，上海分公司口头通知万某劳动合同到期不续签。同月29日，上海分公司出具1份通知书，内载：“万某：你与我公司的劳动合同已于2008年2月29日到期。上海分公司不再与万某续签。”万某遂从上海分公司离职。
2008年3月28日，万某向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求上海分公司支付2004年12月至2008年2月的加班费80420.13元及25%的经济补偿金20105.03元。
裁判结果
劳动争议仲裁委员会裁决上海分公司支付万某2006年3月至2007年8月期间的休息日加班工资差额9469.54元。万某、上海分公司均不服该裁决，遂诉诸法院。
一审法院审理后认为，用人单位安排员工加班的，应当支付加班工资。依据双方有关工作制度的陈述，可确认万某在上海分公司工作期间确存在休息日加班的情况，上海分公司应当依法支付相应的加班工资。上海分公司关于2007年9月之前的加班工资已超过仲裁时效的抗辩意见，因双方争议发生之日为劳动关系终结之日，万某于2008年3月28日提出仲裁申请，并未超过申请仲裁期间。
一审法院审理后，于2009年4月2日作出判决： 判决上海分公司支付万某2004年12月至2008年2月期间的加班工资差额15707.16元及该款25%的经济补偿金3926.79元。
双方对一审均不服，提起上诉，2009年6月29日二审法院作出判决，驳回了上诉，维持原判。
案例评析
本案是一起关于特殊工时制申请与执行的典型案例。本案的争议焦点在物流公司在广州的总公司的不定时批复是否能够适用、覆盖上海分公司。如果能够适用、覆盖，则万某不能获得双休日加班工资，如果不能适用、覆盖，则万某能够获得。
特殊工时的申请实行的是属地化管理原则，不管是总公司、分公司、子公司均需要向其工商注册所在地的劳动行政部门进行申请。对此，各地也分别做了具体规定。以上海为例，原上海市劳动保障局关于印发《本市企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》的通知[沪劳保福发（2006）40号] 第四条规定“企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的，应当向企业工商登记注册地的区县劳动和社会保障局提出申请。但企业实行以年为周期综合计算工时工作制（包括同时申请实行不定时工作制）的，应当向市劳动和社会保障局（以下统称劳动保障行政部门）提出申请。中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的按国家有关规定执行。”
在本案中，虽然广东的总公司向当地的劳动行政部门申请了不定时工时制，并获得了批复，但是上海分公司并不能当然地就按照总公司的这份批复来执行不定时工作制，上海分公司若要执行不定时工时制，需要按照法定程序在上海，向其在上海的工商注册地的劳动行政部门申请。由于上海分公司未进行该项申请，因此上海分公司不能适用不定时工作制，万某在休息日加班的，上海分公司应当按照法定标准支付加班工资。